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Big data analytics al Policlinico Gemelli per la lotta al Covid-19

La Fondazione Policlinico Universitario Agostino Gemelli IRCCS utilizza da tempo le soluzioni di analytics di Sas, come ebbe modo di spiegarci durante l’ultimo Sas Forum di Milano Vincenzo Valentini, vice Direttore Scientifico con delega ai Big Data e direttore dipartimento diagnostica per immagini, radioterapia oncologica, ematologia del nosocomio romano.

Prima della pandemia l’attività sugli analytics con Sas del Policlinico Gemelli convergeva su un repository di 440 milioni di dati granulari generati da 3 milioni e mezzo di persone.

conformemente al GDPR e alla preservazione proprietà intellettuale.

Obiettivo era l’aggregazione per formulare meta-conoscenza ed estrarre il contributo delle decisioni cliniche che corrono sulla filiera dei dati.

Si tratta di conoscenze che emergono dalla combinazione dei dati e scelte che producono saperi: gestione dei modelli di probabilità a fini di pratica clinica, ricerca e mercato.

Come si comincia a fare analytics? Con tre fasi, spiegò Valentini: si condivide la visione, si coinvolgono partner affidabili e poi si fa il Proof of concept.

In questo modo al Policlinico Gemelli sono partiti cinque progetti pilota di analytics: Produttore precoce della insorgenza sepsi; predizione tempi di risposta delle diagnostiche richieste dai medici di pronto soccorso; conformità index rispetto a linee guida interne; costruzione modelli predittivi per risposta a terapie operatorie, utilizzando radiomiche; predizione outcome tumori cervice. Niente cloud, ma tutti progetti on premise: non escono dati, ma risultati, ci disse Valentini.

Risultati che ora vengono chiesti a gran voce dall’emergenza sanitaria Covid-19.

Il coordinamento di tutte le risorse aziendali in tempi stretti e incalzanti è stato possibile grazie alla collaborazione con Sas, che ha consentito di basare le decisioni sui dati informazioni a valore aggiunto che fanno differenza nell’attuare le scelte migliori per i pazienti colpiti dall’epidemia.

Utilizzando tutte le potenzialità degli analytics, i Sistemi Informativi del Policlinico Universitario A. Gemelli  IRCCS sono stati in grado di rispondere alle richieste di informazioni dai servizi e dipartimenti coinvolti nell’emergenza Covid-19: il settore dell’emergenza/urgenza per cercare di prevedere nel breve termine l’impatto dell’afflusso dei casi; le unità di cura di degenza e terapia intensiva per l’analisi delle informazioni diagnostico/terapeutiche raccolte dalle cartelle cliniche; il controllo di gestione per la rendicontazione e l’allocazione ottimale delle risorse coinvolte sui casi Covid-19; la ricerca, per approntare gli strumenti di analisi computazionale con algoritmi di intelligenza artificiale per cercare una risposta di lungo periodo alla pandemia.

Secondo Paolo Sergi, Direttore dei Sistemi Informativi del Gemelli, “Sfruttando le informazioni ottenute dagli analytics, il Policlinico Gemelli ha cercato di pianificare al meglio la gestione delle risorse nel breve e medio periodo e spera di essere in grado nel futuro, anche immediato, attraverso piani di ricerca che ruotano attorno al progetto Generator – Info Science Center, di dare una risposta alla malattia cercando di prevedere le complicanze mediche e i risultati anche in termini di stima dei tempi di ricovero, nei pazienti Covid-19 rispondendo alla malattia con percorsi personalizzati per ogni paziente. Molti dati clinici importanti relativi ai pazienti di Covid-19 inoltre non sono strutturati ma, grazie a tecniche di text mining, l’estrazione delle informazioni potrà essere automatizzata e veloce”.

Vincenzo Valentini, vice Direttore Scientifico della Fondazione Policlinico Universitario Agostino Gemelli IRCCS, con delega ai Big Data – © Piergiorgio Pirrone

L’integrazione tra gestione avanzata dei dati clinici, di laboratorio e funzionalità analitiche orientate a determinare nuovi cluster di predittori al fine di formulare e validare ipotesi di progressione di malattia – sottolinea Vincenzo Valentini sono frutto di una collaborazione multidisciplinare tra clinici, sperimentatori, data scientist e consulenti specialisti, che hanno saputo coordinarsi per fronteggiare la gravità delle emergenza pandemica, arricchendo di un valore aggiunto di interoperabilità il progetto Generator”.

Il monitoraggio in tempo reale dei dati dal fronte ospedaliero della pandemia era una delle necessità impellenti.

Secondo Antonio Marchetti, team leader degli analytics del Gemelli, “è stato creato un sistema di monitoraggio che consente al Policlinico di seguire in tempo reale l’andamento dei ricoveri, delle dimissioni e dei trasferimenti di reparto dei pazienti Covid-19. Il sistema monitora inoltre l’occupazione dei posti letto in terapia intensiva, l’andamento dei risultati dei tamponi e i decessi raggruppando i dati in base ad alcuni criteri. Questo tipo di dashboard interattiva consente di ragionare su una migliore pianificazione delle risorse e del personale”.

Sas ha reso disponibile un hub dedicato al Covid-19 che include risorse, informazioni e materiale sul Covid-19, modelli di analytics gratuiti, dashboard pubblica per monitorare la diffusione dell’epidemia, un ambiente di data discovery su Sas Viya e corsi di formazione gratuita.

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