Folding@home è un progetto che utilizza il calcolo distribuito per studiare l’origine di malattie come Alzheimer, cancro, Ebola e che dal febbraio dello scorso anno si è dedicato al Covid-19: più di 200.000 persone in tutto il mondo hanno donato la loro capacità di calcolo per studiare il coronavirus.
Come funziona Folding@home
Scaricando il software Folding@home e lasciandolo lavorare in background sul proprio computer, chiunque può aiutare i ricercatori a eseguire simulazioni del comportamento delle proteine implicate nello sviluppo del virus da COVID-19. Il risultato è la prima risorsa di calcolo largamente distribuita: un supercomputer in grado di fare un quintilione di calcoli al secondo, che sta generando set di dati di dimensioni senza precedenti, e che Folding@home sta mettendo a disposizione dei ricercatori di tutto il mondo attraverso il Registro di Open Data su Amazon Web Services.
A capo del progetto c’è Greg Bowman, che spiega in una nota di Amazon Web Services che “abbiamo centinaia di milioni di immagini. L’enorme quantità di dati e la nostra larghezza di banda limitata significa che tutto ciò che facciamo deve essere automatizzato. È per questo che abbiamo bisogno di una elevata quantità di potenza di calcolo ed è il motivo per cui stiamo rendendo i dati disponibili nel cloud di AWS. Stiamo utilizzando questi dati per la scoperta di nuovi farmaci. Abbiamo prodotti fase di test e speriamo di sviluppare un nuovo studio clinico nei prossimi sei mesi”.
Il registro degli Open Data Aws
Folding@home è solo uno dei numerosi set di dati messi a disposizione nel cloud tramite l’AWS Open Data Sponsorship Program, che copre il costo di archiviazione per set di dati di alto valore per la comunità scientifica.
Il programma punta a democratizzare l’accesso ai dati rendendoli disponibili per l’analisi su AWS, a sviluppare nuove tecniche, formati e strumenti cloud, native che riducano il costo del lavoro con i dati e a incoraggiare lo sviluppo di comunità che beneficiano dell’accesso a set di dati condivisi.
Nei progetti di calcolo massivamente distribuiti gli individui possono prestare la propria potenza di calcolo di riserva per una specifica iniziativa. Questo, solitamente aiuta a generare un numero enorme di calcoli o simulazioni necessarie per risolvere un problema complesso.
Folding@home, ad esempio, utilizza simulazioni al computer per capire i movimenti delle proteine implicate in una varietà di malattie, tra cui Covid-19.
Supercomputer exascale
I computer più veloci di oggi sono in grado di fare un quadrilione (1.000.000.000.000) calcoli al secondo. I supercomputer su vasta scala possono fare un quintilione (1.000.000.000.000.000) di calcoli al secondo. A oggi, Folding@home ha prodotto più di 100.000 volte di dati sul virus da COVID-19 rispetto a quelli creati tipicamente per altri studi di simulazione.
Prima che Folding@home rendesse questi dati disponibili sul Registro degli Open Data di AWS, accedervi era dispendioso e complesso, viste le dimensioni dei file. Spesso tutto ciò richiedeva l’invio di hard disk fisici per condividere un set di dati.
Con i cloud tutte le parti interessate possono accedere alle informazioni e scaricarle più rapidamente, su richiesta.
