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Dell, la potenza dei supercomputer per salvare vite

Dell Technologies e il Translational Genomics Research Institute (TGen) hanno una lunga storia di collaborazione per consentire una ricerca rivoluzionaria con risultati che cambiano la vita.

Situato a Phoenix, in Arizona, TGen è un istituto di ricerca medica senza scopo di lucro affiliato con City of Hope, un centro di ricerca e trattamento indipendente di fama mondiale per malattie potenzialmente letali.

TGen utilizza più supercomputer Dell Technologies per svelare i segreti del genoma umano e sviluppare farmaci di precisione per malattie come Covid-19 e altre malattie infettive, cancro, disturbi neurologici e disturbi infantili rari.
TGen usa la grande potenza di calcolo per identificare opzioni di trattamento più precise e personalizzate, con lo scopo dichiarato di salvare più vite possibili.

TGen sfrutta già un cluster HPC utilizzato principalmente per la genomica dei patogeni ed è in procinto di creare un sistema più recente basato su server Dell EMC PowerEdge R640 con processori scalabili Intel Xeon, storage Dell EMC Isilon e rete Dell EMC PowerSwitch.

TGen e City of Hope hanno anche un sistema incentrato sulla GPU basato su server Dell EMC PowerEdge C4140 e R640 con GPU NVIDIA V100, rete Dell EMC PowerSwitch e storage collegato alla rete Dell EMC Isilon che utilizzano principalmente per simulazioni di dinamiche molecolari.

Il supercomputer Dell abilita la ricerca genomica

Ora, un sistema HPC aggiornato, originariamente costruito da TGen, Dell Technologies e Intel nel 2012, consente a TGen di gestire le enormi quantità di dati coinvolti nel sequenziamento del genoma.
La creazione del sistema non è stata un’impresa ingegneristica da poco, perché il sequenziamento di nuova generazione (NGS) in genere cattura un terabyte o più di dati ogni volta che viene eseguito un sequencer e TGen lavora su più sequencer in esecuzione 24 ore su 24.
Come è facile immaginare, per raggiungere questi scopi TGen aveva bisogno di un sistema HPC in grado di archiviare, elaborare ed elaborare su questi enormi set di dati, con l’obiettivo di ridurre drasticamente i tempi per i risultati.

Il supercomputer aggiornato offre a TGen la potenza di elaborazione di 3.000 core di elaborazione Intel Xeon.
Il sistema di sequenziamento genomico offre anche più di 3 petabyte di storage di rete con scalabilità orizzontale Dell EMC Isilon.

L’aggiornamento riduce il tempo di elaborazione dei dati da due settimane a sole otto ore. Questo notevole miglioramento delle prestazioni consente a TGen di fornire trattamenti personalizzati che salvano vite umane e anche più rapidamente.
Inoltre, aiuta anche TGen a svelare i segreti delle malattie infettive, che sono anch’essi organismi basati sul DNA.
Questo aiuta l’istituto ad assumere un ruolo attivo nella lotta contro COVID-19 . TGen ha sviluppato un test RNA per COVID-19 e sta testando pazienti locali da marzo 2020. I ricercatori stanno sequenziando tutti i risultati positivi dei test e costruendo una biobanca di firme genetiche per la malattia nel tempo.

I ricercatori di TGen possono quindi utilizzare le conoscenze acquisite dal sequenziamento del virus per cercare farmaci che potrebbero essere efficaci contro di esso. Nell’ambito di questo progetto, TGen può analizzare i dati sul supercomputer Zenith di Dell Technologies HPC & AI Innovation Lab. In qualità di affiliato di City of Hope, TGen sta contribuendo allo sviluppo preclinico di un vaccino per il nuovo coronavirus.

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