Home Applicazioni Diagnosi Le varianti del Covid-19 si identificano con il cloud

Le varianti del Covid-19 si identificano con il cloud

Per aiutare i governi e la comunità medica a identificare le varianti del Covid-19 e ad agire più velocemente, l’Università di Oxford e Oracle hanno creato un sistema di analisi globale degli agenti patogeni (Global Pathogen Analysis System, GPAS) che combina la piattaforma Scalable Pathogen Pipeline Platform (SP3) di Oxford con la Oracle Cloud Infrastructure (OCI).

L’iniziativa sfrutta il lavoro di un consorzio finanziato dal Wellcome Trust che include le agenzie di tutela della salute del Galles e dell’Inghilterra oltre all’Università di Cardiff.

Lo strumento consentirà agli scienziati e ai ricercatori di sanità pubblica, istituti di ricerca, agenzie di servizi sanitari e diagnostica di tutto il mondo di contribuire a una maggiore comprensione delle malattie infettive, a cominciare dal coronavirus.

Come ha affermato Derrick Crook, professore di microbiologia nel dipartimento di medicina Nuffield dell’Università di Oxford, “il Sistema GPAS aiuterà a stabilire uno standard comune globale per assemblare le informazioni e analizzare questo nuovo virus, così come altre minacce microbiche per la salute pubblica. Questo aggiunge una nuova dimensione alla nostra capacità di elaborare i dati degli agenti patogeni“.

Utilizzata inizialmente per la tubercolosi, la piattaforma SP3 è stata riproposta per unificare, standardizzare, analizzare e mettere a confronto i dati di sequenziamento di SARS-CoV-2, ottenendo sequenze genomiche annotate e identificando le nuove varianti e quelle preoccupanti.

La capacità di elaborazione di SPè stata migliorata grazie all’esteso lavoro di sviluppo da parte di Oracle, che ha garantito un elevato livello di prestazioni e sicurezza, oltre alla disponibilità del sistema SP3 in tutto il mondo 7×24 su Oracle Cloud.

Il sistema SP3 fornirà ora risultati completi e standardizzati delle analisi su Covid-19 entro pochi minuti dall’invio, su scala internazionale. I risultati saranno condivisi con i paesi di tutto il mondo in un ambiente sicuro.

Unitamente alle estese funzionalità di machine learning di Oracle Cloud, gli scienziati, i ricercatori e i governi in tutto il mondo possono per la prima volta collaborare a elaborare, analizzare, visualizzare e agire su un’ampia raccolta di dati sul COVID-19 – compresa l’identificazione delle varianti di interesse e il loro potenziale impatto sull’efficacia del vaccino e della terapia.

Per esempio, le dashboard di analisi nel sistema mostreranno quali ceppi specifici si stanno diffondendo più rapidamente di altri e se le caratteristiche genetiche contribuiscono a incrementare la trasmissibilità e la diffusione del vaccino.

Oxford ha già elaborato metà delle sequenze di SARS-CoV-2 del mondo, pari a oltre 500mila in totale.

Il prossimo passo sarà quello di estendere questo servizio a tutti gli agenti patogeni, collaborando contemporaneamente con scienziati di istituti di ricerca, agenzie per la salute pubblica e aziende private per garantire che questo lavoro possa supportare il processo decisionale sulle strategie di risposta alle pandemie in tutto il mondo.  Ricercatori e organizzazioni non-profit potranno utilizzare la piattaforma a titolo gratuito, in tutto il mondo.

Il Global Pathogen Analysis System si baserà sulle attività esistenti per standardizzare le soluzioni di sequenziamento globale, tra cui quelle guidate dal Global Health Security Consortium.

LASCIA UN COMMENTO

Inserisci il tuo commento
Inserisci il tuo nome

01health Steering Committee: sanità e ICT si incontrano e si confrontano

01health, piattaforma di comunicazione integrata del Gruppo Tecniche Nuove, è veicolo formativo e informativo della sanità digitale italiana e catalizzatore di un processo di diffusione di competenze e best practice del comparto

Se questo articolo ti è piaciuto e vuoi rimanere sempre informato sulle novità tecnologiche

css.php